Στο πεδίο της έρευνας και ανακάλυψης φαρμάκων, η ταυτοποίηση μεταβολιτών, ή MetID, είναι κρίσιμη. Τα ξενoβιοτικά διασπώνται μέσω του μεταβολισμού ώστε να μπορούν να αποβληθούν από το σώμα. Η αποτελεσματικότητα των φαρμάκων μπορεί να μειωθεί από τον ταχύ μεταβολισμό. Η γνώση του μεταβολικού προφίλ βοηθά στον εντοπισμό περιοχών για βελτίωση. Λόγω της πιθανότητας επικίνδυνων ενδιάμεσων προϊόντων, ο προσδιορισμός του μεταβολικού προφίλ είναι απαραίτητος για την αξιολόγηση της ασφάλειας των φαρμάκων.
Η πιο σημαντική μέθοδος για την ταυτοποίηση προϊόντων βιομετασχηματισμού φαρμάκων είναι η υγρή χρωματογραφία σε συνδυασμό με φασματομετρία μάζας (LC/MS). Σε μία μόνο έγχυση (injection), θα πρέπει να ληφθούν δεδομένα θραυσματοποίησης για όλους τους σχετικούς μεταβολίτες. Οι μεταβολίτες που βρίσκονται σε χαμηλά επίπεδα συγκεντρώσεων μπορεί να καλυφθούν από σύνθετα σήματα υποβάθρου, καθιστώντας τη συλλογή δεδομένων μη στοχευμένης ανάλυσης πιο δύσκολη.
Τα φασματόμετρα μάζας Orbitrap της Thermo Scientific περιλαμβάνουν καινοτόμες τεχνολογίες που βελτιώνουν την ερμηνεία των φασμάτων μάζας με την τεχνολογία AcquireX. Οι λίστες συμπερίληψης/αποκλεισμού συγκεκριμένων δειγμάτων για την απόκτηση data dependet δεδομένων αυτοματοποιούνται από την τεχνολογία AcquireX.. Η αποτελεσματικότητα της μεθόδου στον εντοπισμό θέσεων οξείδωσης αποδεικνύεται μέσω των δεδομένων θραυσματοποίησης ενός μεταβολίτη του οξειδίου της νεφαζοδόνης.
Για την αποτελεσματική συλλογή δεδομένων, τα πειράματα MSn παρουσιάζουν υψηλές απαιτήσεις. Η τεχνολογία real-time library search (RTLS) του φασματόμετρου μάζας Orbitrap IQ-X Tribrid επιτρέπει την εστιασμένη συλλογή δεδομένων. Το RTLS χρησιμοποιείται στην τεχνική Met-IQ για την εκλεκτική ανίχνευση νέων ενώσεων που συνδέονται με γνωστούς μεταβολίτες. Σε σύγκριση με τις παραδοσιακές τεχνικές, η προσέγγιση του Met-IQ βελτίωσε σημαντικά τον προσδιορισμό των μεταβολιτών λοσαρτάνης με δεδομένα MS3.
Ο εντοπισμός των θέσεων μετασχηματισμού και των ισομερών μεταβολιτών μπορεί να παρεμποδιστεί από μη συγκεκριμένα κομμάτια. Η ανάλυση των μεταβολιτών φάσης II όπως οι ενώσεις προσθήκης γλουταθειόνης και τα γλυκουρονίδια μπορεί να είναι δύσκολη. Λόγω της συσχέτισης τους με την τοξικότητα, τα ακετυλο-γλυκουρονίδια και οι ενώσεις προσθήκης GSH πρέπει να ταυτοποιηθούν. Η μέθοδος θραυσματοποίησης Ultraviolet Photodissociation, UVPD, μπορεί να χρησιμοποιηθεί από το φασματόμετρο μάζας Orbitrap IQ-X Tribrid για τη δημιουργία διακριτών θραυσμάτων. Για ακριβείς δομικές πληροφορίες, το UVPD αυξάνει την εσωτερική ενέργεια των ιόντων πρόδρομων.